chromHMMの実装

　今回からchromHMMの実装を開始しました。言語は引き続きPerlさんです。
　まずは各行を順番に見ていって、状態判定の為の単語が含まれているかどうか、単語数分の大きさをもった二値ベクトルを作成してみました。4月20日に公開されたレビュー、“分子のものさし”がRNAの長さを測り仕分けするに対して定義できているか確認したところ、以下のようになっていました。

しかし，筆者らは，核において“RNAの長さ”が認識される分子機構を発見した
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最終精製画分にはこの活性と完全に相関する2本のメジャーなバンドがみられた
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筆者らは，RNAポリメラーゼIIの転写産物が長さに応じ仕分けされる分子機構を明らかにした
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といった感じでした。
　その後、状態を増やしていく部分を書いていましたが、今回はここで時間切れです。とりあえずエントロピーを最大化する状態と単語を取得する部分まではかけたので、次回得られた状態列を表示できるようにしていきたいです。